代理注冊公司合法的，但需要滿足一定條件。根據相關法律規定，設立有限責任公司，應當由全體股東指定的代表或者共同委托的代理人向公司登記機關申請名稱預先核準，經批準后，應當由全體股東指定的代表或者共同委托的代理人申請設立登記。只要不違反法律規定，即可依法登記。

法律依據：

《公司登記管理條例》第十八條

設立有限責任公司，應當由全體股東指定的代表或者共同委托的代理人向公司登記機關申請名稱預先核準;設立股份有限公司，應當由全體發起人指定的代表或者共同委托的代理人向公司登記機關申請名稱預先核準。

第二十條

設立有限責任公司，應當由全體股東指定的代表或者共同委托的代理人向公司登記機關申請設立登記。設立國有獨資公司，應當由國務院或者地方人民政府授權的本級人民政府國有資產監督管理機構作為申請人，申請設立登記。法律、行政法規或者國務院決定規定設立有限責任公司必須報經批準的，應當自批準之日起90日內向公司登記機關申請設立登記;逾期申請設立登記的，申請人應當報批準機關確認原批準文件的效力或者另行報批。。