對環境違法行為進行包庇的，應該這樣處罰：地方各級人民政府、縣級以上人民政府環境保護主管部門和其他負有環境保護監督管理職責的部門對環境違法行為進行包庇的，應對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予記過、記大過或者降級處分;造成嚴重后果的，給予撤職或者開除處分，其主要負責人應當引咎辭職。

法律依據：

《環境保護法》第六十八條

地方各級人民政府、縣級以上人民政府環境保護主管部門和其他負有環境保護監督管理職責的部門有下列行為之一的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予記過、記大過或者降級處分;造成嚴重后果的，給予撤職或者開除處分，其主要負責人應當引咎辭職：

(一)不符合行政許可條件準予行政許可的;

(二)對環境違法行為進行包庇的;

(三)依法應當作出責令停業、關閉的決定而未作出的。