對環(huán)境違法行為進行包庇的，應該這樣處罰：地方各級人民政府、縣級以上人民政府環(huán)境保護主管部門和其他負有環(huán)境保護監(jiān)督管理職責的部門對環(huán)境違法行為進行包庇的，應對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予記過、記大過或者降級處分;造成嚴重后果的，給予撤職或者開除處分，其主要負責人應當引咎辭職。

法律依據：

《環(huán)境保護法》第六十八條

地方各級人民政府、縣級以上人民政府環(huán)境保護主管部門和其他負有環(huán)境保護監(jiān)督管理職責的部門有下列行為之一的，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員給予記過、記大過或者降級處分;造成嚴重后果的，給予撤職或者開除處分，其主要負責人應當引咎辭職：

(一)不符合行政許可條件準予行政許可的;

(二)對環(huán)境違法行為進行包庇的;

(三)依法應當作出責令停業(yè)、關閉的決定而未作出的。